根据山东省市和县（市、区）地方税务局机构改革实施意见（鲁编［2001］38号），济宁市地方税务局设置曲阜市、兖州市、邹城市、微山县、鱼台县、金乡县、嘉祥县、汶上县、泗水县、梁山县地方税务局和稽查局、直属征收分局、国际税务管理分局，为济宁市地方税务局的直属机构；设置济宁市地方税务局市中、任城分局、高新技术产业开发区分局，为济宁市地方税务局的派出机构。
一、济宁市地方税务局机关根据自己的职责，设以下职能科室：
（一）、办公室
协助局领导组织协调机关日常工作；负责机关文秘、机要、保密、信息、督促检查、档案、会议安排和综合性文稿的起草工作；拟定全局年度和阶段性工作计划；管理机关财务和固定资产；负责局机关及所属单位的后勤服务工作。
（二）、政策法规科
根据权限起草地方性税收法规、规章草案；负责本局地方税收规范性文件的审核、备案以及系统外涉税文件的备案、备查、上报和牵头会签工作；贯彻执行地方税收执法责任制、错案追究制；组织开展税收执法检查；牵头配合审计等部门对本系统的审计；管理地方行政处罚听证、税务行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作；承办重大地方税收案件的审理；负责政务公开、普法教育、税务人员执法资格认定及相关证件的管理；负责税制运行情况的监测工作；落实人大建议、政协提案；组织开展地方税收政策法规调研。
（三）、税收管理一、二科
负责地方税、中央与地方共享税及教育费附加的法律、法规、规章和其他规范性文件的贯彻落实；制定并组织实施单税种征收管理制度、办法；按照管理权限，负责税收减免及其他涉税相关事项的审核、审批、上报；组织开展企业所得税汇算清缴检查；负责有关税种代扣代缴的管理工作；负责文化事业建设费、发展旅游事业费等规费的代征管理工作；负责地方税、中央与地方共享税的资料调查工作。
（四）、征收管理科
贯彻落实税收征管法律、法规、规章；制定并组织实施综合性地方税收征管制度、办法；负责税务登记、纳税申报、税款征收、纳税评估、征管文书、征管档案、普通发票以及征管范围的界定等管理工作；按照管理权限，负责欠缴税款、呆账税金、核销死欠的管理工作；负责延期缴纳税款的审核报批；负责集贸市场和个体税收管理工作；负责司法保障、协税护税工作；负责税控装置的推行和应用管理；负责委托代征、纳税人信誉等级以及办税员等的认定管理；牵头组织征管综合质量考核；监督管理税务代理机构。
（五）、计划统计科
贯彻落实税收计划、会计、统计和税收票证的各项制度、办法;编制全市地方税收中长期规划和年度收入计划，指导、管理组织收入工作；负责税收会计核算、管理、监督工作，汇总、分析税收计划、会计、统计等信息数据，编制、上报有关报表；负责税收票证、税款提退管理工作；组织税源调查和税源监控。
（六）、财务装备科
组织实施各项财务管理规章制度；负责编制系统财务收支预、决算；统一管理系统各项经费、装备和基本建设项目；负责系统财物审计，监督管理国有资产。
（七）、组织人事科
负责本系统的组织人事、劳动工资管理工作；按照干部管理权限，承办局机关、直属单位、派出单位和县（市、区）地方税务局（分局）领导干部的日常管理事务；承办本市系统的机构编制管理工作；负责本市系统干部职工的教育培训和离退休干部职工的管理服务工作。
（八）政治工作科
负责系统思想政治工作、精神文明建设和基层建设；组织目标管理考核和本系统表彰工作；组织开展税收宣传工作。
（九）、机关党委
与政治工作科合署。负责局机关及其所属单位的党群工作。
(十)、监察室
纪检监察室为主管全市地税系统行政监察工作的职能部门，主要职责是：1.负责国家和省、市行政监察法规、制度的贯彻落实工作；2.负责全市地税系统工作人员执法、执纪的监督检查；3.受理全市地税系统工作人员的检举、控告及申诉；4.查办和督办全市地税系统违法违纪案件，按照干部管理权限提出处理意见；5.负责全市地税系统党风廉政建设，组织协调有关部门落实党风廉政建设责任制；6.承办局领导交办的其他工作。
(十一)、济宁市地税信息中心
地税信息中心负责全市地税系统计算机信息网络管理工作，主要职责是：1.负责系统局域网络的建设、管理和维护工作；2.负责全市地税系统计算机及相关设备的管理工作；3.负责市局办公自动化、lotus notes等软件的管理与维护工作；4.负责拟定系统网络设备配置计划；5.负责全市信息管理系统软件的管理与维护工作；6.负责市局内部网站维护及与有关部门联网的实施工作；7.承办局领导交办的其他工作。
（十二）济宁市地税纳税服务中心
纳税服务中心负责全市地税系统的纳税服务工作 ，主要职责是： 1.贯彻落实税法和征管法以及上级关于纳税服务工作各项规定，研究制定相关管理办法和工作规划，并组织实施；2.管理、组织、协调、监督全系统纳税服务工作，推动并规范纳税服务工作的深入开展；3.受理涉税咨询，牵头组织纳税辅导培训，为纳税人办理地方税务事项和了解税收政策法规提供服务；4.负责外部网站的业务功能规划、实施应用维护和管理工作，组织网上发布税收法规、政策、公告、通知，协助有关单位处理网上其他有关涉税事项；指导、监督下级外部网站的管理工作；5.规划、建设、管理、指导全系统12366服务热线工作；6.通过12366服务热线受理纳税人和社会各界对各级地税部门、地税人员依法办事、工作作风、服务态度和偷、逃、骗税及违法违章行为的举报、投诉，按照有关规定及时转交相关部门查处，并负责催办，定期统计分析受理情况；7.接收纳税人和社会各界对地税工作提出的意见和建议，及时向局领导和有关部门反馈；8.负责针对纳税人的日常宣传工作，参与针对纳税人的重大宣传表彰活动；9.组织开展纳税服务工作调查研究，为领导决策提供依据；10.管理、组织、协调、监督全系统综合治税工作，推动并规范综合治税工作的深入开展；11.承办局领导交办的其他工作。
二、济宁市地方税务局根据自己的职责下设稽查局、直属征收分局、国际税务管理分局等直属机构。
（一）、稽查局
稽查局。副处级建制，为市地方税务局的直属机构。主要职责是：负责贯彻落实税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；编制税收稽查计划；实施辖区内地方税收专项稽查和专案稽查；负责一般案件审理，案件执行；指导、监督全市稽查工作；负责群众举报税收案件的受理、查处及转办工作；办理涉税违法案件的移送，配合有关部门调查取证；管理税务检查证件。内设综合科、选案科（举报中心）、检查一科、检查二科、审理科、执行科。
（二）、直属征收分局
直属征收分局。副处级建制，为市地方税务局的直属机构。主要职责是：负责组织辖区内市属企业地方税、中央与地方共享税收入；负责税务登记、纳税申报、税款征收、纳税评估、税源调查和日常检查等工作；负责普通发票的使用管理；按照管理权限，办理税收减免及其他涉税相关事项的审核、审批、上报等管理工作；提供纳税咨询服务。内设综合科、会计统计科、管理一科、管理二科、管理三科和征收科（办税服务厅）。
（三）、国际税务管理分局
国际税务管理分局。副处级建制，为市地方税务局的直属机构。主要职责是：负责组织市区涉外企业及其雇员、外籍人员地方税收入；执行国际税收双边协定；负责跨国企业、外国常驻机构、临时来华人员的涉税监控以及对大型跨国企业和外籍人员的税务审计；负责涉外企业的税务登记、纳税申报、税款征收、纳税评估、税源调查等工作；负责普通发票的使用管理工作；按照管理权限，办理税收减免及其他涉税相关事项的审核、审批、上报等管理工作；提供纳税咨询服务。内设国际税务科、管理科。
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